S účinností od 1. 4. 2012 upravuje bližší podmínky archivace zdravotnické dokumentace vyhláška č. 98/2012 Sb., o zdravotnické dokumentaci. Tato vyhláška stanovuje nejen náležitosti této dokumentace, ale také pravidla pro její vedení a uchovávání.

Poskytovatel zdravotních služeb tak vede a uchovává zdravotnickou dokumentaci v souladu se zásadami stanovenými v příloze č. 2 k této vyhlášce. Zdravotnická dokumentace se uchovává po dobu 5 let, pokud není jiným právním předpisem nebo v příloze č. 3 k této vyhlášce stanoveno jinak.

Doba uchovávání zdravotnické dokumentace vedené o pacientovi jedním poskytovatelem počíná běžet 1. dnem měsíce ledna následujícího kalendářního roku po dni, v němž byl proveden poslední záznam ve zdravotnické dokumentaci pacienta, pokud není v příloze č. 3 k této vyhlášce stanoveno jinak. V případě zdravotnické dokumentace vedené v elektronické podobě je každý záznam do dokumentace opatřen elektronickým podpisem.

Podle přechodných ustanovení platí, že na zdravotnickou dokumentaci, která začala být vedena přede dnem 1. 4. 2012, se vztahují přílohy č. 2 a č. 3 k této vyhlášce.

Pokud u této zdravotnické dokumentace uplynula doba uchování určená podle § 5 vyhlášky před 1. 4. 2012 a skartační řízení nebylo provedeno nebo zahájeno podle předchozích právních předpisů, lze potřebnost zdravotnické dokumentace posoudit ode dne 1. 7. 2013. Pokud u zdravotnické dokumentace vedené přede dnem 1. 4. 2012 již bylo zahájeno skartační řízení, dokončí se podle předchozí vyhlášky o zdravotnické dokumentaci.

Z přechodných ustanovení tak vyplývá, že i na zdravotnickou dokumentaci, která začala být vedená před 1. 4. 2012, se vztahují pravidla pro uchovávání zdravotnické dokumentace uvedená v přílohách č. 2 a č. 3 vyhlášky č. 98/2012 Sb. Nezbývá tak než již existující archiv a skartační řád přehodnotit ve smyslu nových lhůt.

Toto pravidlo neplatí pouze pro zdravotnickou dokumentaci vedenou přede dnem 1. 4. 2012, u které již bylo zahájeno skartační řízení, jež se dokončí podle předchozí právní úpravy.