Hloubková kontrola Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) na Ministerstvu zdravotnictví ČR (MZ ČR) neodhalila žádná pochybení. Znamená to, že nedošlo k žádnému nehospodárnému ani neúčelnému zacházení s penězi státního rozpočtu ani s majetkem státu.
Nesrovnalosti, které NKÚ popsal, se týkají pouze nepřesného administrativního zařazení jednotlivých účtovaných položek. Podle MZ ČR je špatné zacházení s 5 miliardami ve skutečnosti pouze nepřesné zařazení těchto peněz do výkazů. Peníze se neztratily, MZ ČR si jen upraví metodiku výkazů tak, aby odpovídala přesně představám NKÚ.
NKÚ měl tedy jiný názor na zařazení některých účtovaných položek a už v průběhu kontroly MZ ČR některé postupy upravovalo tak, aby pro rok 2016 plně vyhovovaly představám kontrolorů. Nesprávnosti za rok 2015 už tedy nehrozí. Samotný NKÚ přitom v kontrolním závěru uvádí, že „Nejednoznačnosti a nejasnosti v účetních předpisech, které nelze dávat k tíži účetní jednotce, způsobují odlišný výklad některých ustanovení těchto předpisů, vykazování odlišných údajů v účetních uzávěrkách a jejich nesrovnalost mezi vybranými účetními jednotkami.“ To tedy znamená, že samotný NKÚ sděluje, že nejasnosti jsou v obecně platných účetních předpisech vydávaných Ministerstvem financí, vznikají nejednoznačností některých metodik a MZ ČR jim tedy nemělo de facto možnost předejít. To platí jak pro výtku dle NKÚ nesprávného účetního zařazení částky 3,4 miliardy Kč na jednom z desítek podrozvahových účtů, tak i pro nesrovnalosti ve vykazování hodnoty zásob antivirotik a pro nesprávnosti ve finančním výkazu pro hodnocení plnění rozpočtu. Pokud by došlo k jakémukoli pochybení při vynakládání státních peněz, NKÚ by uložil za takový postup pokutu. MZ ČR žádnou pokutu nedostalo.
MZ ČR opakovaně zdůrazňuje, že při hospodaření MZ ČR nebyla zjištěna nehospodárnost ani neúčelnost při hospodaření se státními penězi a majetkem. MZ ČR neporušilo rozpočtovou kázeň a ani jinak závažně neporušilo právní normy. Jedná se o nejasnosti administrativního charakteru, které vyplývají z nejednoznačné účetní legislativy. NKÚ tedy nepožaduje po MZ ČR žádnou pokutu.