Největší změnou ve zdravotnictví byla v roce 2016 výměna v čele ministerstva. Svatopluka Němečka, který byl druhým nejdéle sloužícím ministrem zdravotnictví v polistopadové éře, na začátku prosince 2016 nahradil jeho stranický kolega a dosavadní ředitel motolské nemocnice Miloslav Ludvík.

Ministerstvo zdravotnictví z hlediska své působnosti předkládá informace k uvádění na trh výrobků typu elektronické cigarety.

Ministerstvo prostřednictvím projektu „Systémová podpora procesů transformace systému péče o ohrožené děti a rodiny“ realizuje komplexní analýzu systému péče o ohrožené děti. Jedním ze tří samostatných podkladů je právě Sociodemografická analýza. Dalšími analýzami jsou Analýza systému náhradní rodinné péče a Analýza sítě služeb, jejíž výsledky budou zveřejněny v únoru 2014.

Prezident České republiky jmenoval MUDr. Svatopluka Němečka, MBA dne 29. ledna 2014 novým ministrem zdravotnictví.